El Colegio de Postgraduados cuenta con órganos ejecutivos, tanto en su Corporativo como en sus Campus, y con órganos de coordinación al nivel Corporativo.

La Institución tiene también cuerpos colegiados generales en los que están representados sus Campus y particulares al interior de estos últimos. Son de carácter consultivo y en ellos se abordan de manera específica asuntos de naturaleza académica o administrativa. Algunos cuerpos colegiados trabajan para asegurar la calidad y pertinencia de las actividades de educación, investigación y vinculación que se realizan en el Colegio y que cumplan los objetivos para los que fue creado. Otros vigilan que esas actividades se lleven a cabo dentro de un entorno de respeto a las normas reglamentarias, jurídicas y administrativas que rigen a la Institución.

El funcionamiento del Colegio es la resultante del trabajo conjunto de órganos estructurales que dirigen, cuerpos colegiados que establecen políticas y normas, y de otros cuerpos y órganos que, en apego a estas últimas, coordinan y ejecutan las actividades institucionales.

Los órganos ejecutivos son la Dirección General, las Direcciones de Campus, las Subdirecciones de Educación de los Campus, las Subdirecciones de Investigación de los Campus, y las Subdirecciones de Vinculación de los Campus.

Los órganos de coordinación son:

1. El Comité de Evaluación Externa.

2. El Consejo General Académico.

3. El Consejo General Administrativo, y a nivel de Campus.

4. El Comité de Evaluación Externa de Campus.

5. El Comité Consultivo Académico de Campus.

6. El Comité Consultivo de Programas de Educación de Campus.

7. El Comité Consultivo de Programas de Investigación de Campus.

8. El Comité Consultivo de Programas de Vinculación de Campus.

9. El Comité Consultivo Administrativo de Campus.

Para apoyo de sus actividades los Comités Académicos de Campus cuentan con uno o más Comités Consultivos de Programas de Educación, Investigación y Vinculación.

El Colegio de Postgraduados tiene los órganos de evaluación siguientes:

El Comité de Evaluación Externa, que apoya a la Junta Directiva; y Los Comités de Evaluación Externa de Campus, que apoyan a los Comités Académicos de Campus.

En este contexto, la implementación del proyecto de reestructuración ha traído consigo la definición y el establecimiento de una nueva organización, con la operación de un sistema de siete campus (Campeche, Córdoba, Montecillo, Puebla, San Luís Potosí, Tabasco y Veracruz) y el Corporativo, éste último con sede en Montecillo, Estado de México. Los Campus son unidades administrativas que desde 2006 manejan sus propios recursos y reportan al Corporativo institucional.

Radio por internet que contiene información de ls actividades generadas y relacionadas con el Colegio de Postgraduados. Entre las que destacan los espacios: Noticiario, Personajes, Direcciones y Música selecta.

Se están implementando planes rectores para cada actividad sustantiva del Colegio:

Investigación, Educación y Vinculación, así como del soporte administrativo necesario, con el propósito de hacer aún más congruente la misión y visión de la institución con las necesidades y demandas de la sociedad mexicana, con especial referencia al medio rural.

El Consejo General Académico (CGA), es el cuerpo colegiado encargado de definir y aprobar las estrategias y dar seguimiento a las acciones que permitan concretar con base en el consenso, los planes y programas de las actividades sustantivas del Colegio.