En el Colegio de Postgraduados la investigación tiene un rol preponderante en la generación de nuevo conocimiento, la formación de talentos humanos y la aplicación de tecnología útil a una sociedad en constante cambio, necesitada de más y mejores oportunidades para su total transformación.

El nuevo conocimiento, científico y empírico obtenido de la actividad de investigación, constituye un material fundamental que se articula e incorpora a la enseñanza y a la vinculación llevada a cabo en el COLPOS.

Hoy en día, la investigación como actividad sustantiva se realiza en los 7 campus del COLPOS y se encuentra organizada en 16 Líneas Prioritarias de Investigación, que cubren el amplio espectro de la problemática agroalimentaria, de los recursos naturales y del desarrollo social.

Paulatinamente, en el 2006 se fueron definiendo los Planes Estratégicos y los Proyectos Integradores. En ese año 14 LPI se integraron e iniciaron sus trabajos, el resto lo hizo en el 2007. Las LPI que actualmente operan son:

1. LPI-1  Manejo sustentable de recursos naturales

2. LPI-2  Agroecosistemas sustentables

3. LPI-3  Energía alterna y biomateriales

4. LPI-4  Agronegocios, agroecoturismo y arquitectura del paisaje

5. LPI-5  Biotecnología microbiana, vegetal y animal

6. LPI-6  Conservación y mejoramiento de recursos genéticos

7. LPI-7  Inocuidad, calidad de alimentos y bioseguridad

8. LPI-8  Impacto y mitigación del cambio climático

9. LPI-9  Geomática aplicada al estudio y manejo de los recursos naturales y sistemas agropecuarios

10. LPI-10  Desarrollo rural sustentable

11. LPI-11  Sistemas de producción agrícola, pecuaria, forestal, acuícola y pesquera

12. LPI-12  Agregación de valor

13. LPI-13  Comunidades rurales agrarias, ejidos y conocimiento local

14. LPI-14  Educación, desarrollo humano y gestión del conocimiento

15. LPI-15  Estadística, modelado y tecnologías de información aplicadas a la agricultura y al medio rural

16. LPI-16  Innovación tecnológica