El mapa curricular del Doctorado en Ciencias en Economía, está constituido por cursos básicos, especializados y de investigación (Mapa Curricular). Se recomienda a las y los estudiantes tomar un número de cursos básicos, con ello se mejora su formación técnica y científica, se incrementa su capacidad crítica y se prepara para cubrir el perfil de egreso.
Los cursos especializados son seleccionados por la o el estudiante y su Consejo Particular con el objetivo de fortalecer los conocimientos que se requieren para el área en la que realizará su investigación. Cuando se considera que uno o más cursos son importantes para la formación de la o el estudiante y no se ofrecen en el programa, se sugiere que lo haga en otros programas de la institución o fuera de ella, pero que sea de excelencia académica y que tenga reconocimiento y esté registrado ante la Secretaría de Educación Pública (SEP). Para su ejecución existen los mecanismos académicos, administrativos y apoyos necesarios. Lo más importante en este caso es justificar ante la academia (Comité del Posgrado) la importancia de esos cursos para alcanzar objetivos específicos en su investigación, o en su formación profesional.
El número mínimo de créditos que un estudiante debe cursar en cada cuatrimestre es de nueve. Un crédito académico equivale a 64 horas de trabajo académico: 16 horas de trato directo con un profesor y 48 horas de trabajo extra-clase o actividades relacionadas con el objetivo académico. Los créditos por cursos y por investigación pueden alternarse en los periodos académicos; los créditos por investigación son asignados por el Consejo Particular del estudiante. La o el estudiante debe obtener como mínimo 81 créditos totales, de los cuales 27 créditos deben ser por cursos regulares y el resto por investigación. Además, es deseable que una o un estudiante de doctorado establezca una estancia de investigación, en alguna institución de renombre internacional, desde el inicio de sus actividades dentro de su programa académico. Este programa debe estar acorde con el tiempo total de estancia de un estudiante de doctorado de dedicación exclusiva, y se debe distribuir en sus doce cuatrimestres (48 meses). Por reglamento académico un estudiante de doctorado debe tener al menos un artículo científico enviado, resultado de su investigación original, para publicación en revistas de prestigio internacional antes de iniciar trámites para obtener el grado académico.