El plan de estudios del Doctorado en Ciencias en Fisiología Vegetal está conformado por una parte académica (créditos por cursos) de carácter interdisciplinario y una parte de investigación (planeación y ejecución de un proyecto de investigación). Se requiere que el (la) alumno (a) cubra un mínimo de 27 créditos por cursos y por lo menos 81 de investigación. Se tiene un sistema flexible en el plan de estudios, por lo que el alumno podrá elegir, junto con su Consejero (tutor) y los integrantes de su Consejo Particular (al menos dos asesores adicionales), los cursos más adecuados para su formación, considerados como básicos (especializados), de investigación, sugeridos y otros cursos de interés, necesarios para desarrollar el proyecto de investigación. Existe la opción de tomar cursos en los campos del conocimiento del Postgrado en Recursos Genéticos y Productividad, y de otros postgrados de la institución o de otras instituciones de postgrado si así fuese necesario para su formación, o por necesidades específicas para su investigación, de acuerdo con la reglamentación vigente al respecto
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