El Posgrado en Fitosanidad con sus dos Orientaciones: Entomología y Acarología y Fitopatología tiene el mayor número de especialistas en Fitosanidad a nivel nacional y por ende el mayor número de estudiantes preparándose en esta área. Los profesores (as) continuamente están en interacción con diversas unidades de SAGARPA, Fundaciones PRODUCE, otras entidades federales, estatales y asociaciones de productores que se relacionan con problemas de plagas de insectos y enfermedades de las plantas.
Actualmente el posgrado es una combinación de conocimiento tradicional fitosanitario respaldado con las nuevas herramientas moleculares que dan un soporte valioso y único a las contribuciones de estudiantes y profesores. Tales herramientas se utilizan para el diagnóstico preciso y la corroboración taxonómica de insectos, bacterias, hongos, virus y fitoplasmas, así como en investigaciones tendientes a explicar los cambios de expresión génica y metabólica involucrados en el desarrollo de la enfermedad en la interacción planta patógeno o planta insecto.
Formar recursos humanos con conocimiento de las plagas económica y potencialmente importantes para su manejo eficiente, con habilidad para transmitir conocimientos, generar proyectos de investigación y desarrollo, con una visión integral y actitud interdisciplinaria e interinstitucional.