La implementación del Plan de Estudios es flexible. Este se configura acorde al perfil y aspiraciones formativas de cada estudiante a través de un Consejo Particular normativamente acreditado, transdisciplinario e interinstitucional (1-2 externos). El esquema académico permite al educando adquirir conocimientos y capacidades para resolver problemas con rigor científico mismo que se valida con la defensa de una tesis para obtener el grado. El perfil de egreso, cognitivo y fáctico, se garantiza con un núcleo obligatorio de asignaturas específicas para cada orientación (Fitopatología, y Entomología y Acarología). Este enfoque forma recursos humanos en Fitosanidad con énfasis en diversas áreas del conocimiento garantizadas por la amplitud de perfiles del Núcleo Académico. El modelo permite formar especialistas pertinentes y competitivos aptos para incidir con éxito en la complejidad fitosanitaria del agro mexicano y latinoamericano.
La dinámica fitosanitaria del sector agroalimentario por demandas productivas, sociales y ambientales, así como el concurrente desarrollo técnico-científico, implica la integración institucional de procesos de mejora continua del Plan de Estudios del Programa.
El Plan de Estudios, por la propia naturaleza del objeto de estudio fitosanitario y el enfoque orientador al análisis y solución de problemas sanitarios del país, el 90% de los cursos tienen un componente práctico. Este binomio Teórico-Práctico se ha fortalecido históricamente e incluye, en la mayoría de los casos, prácticas de laboratorio, bioensayos en invernadero y/o campo, en cámaras climáticas, o directamente en unidades de producción comercial con productores, comunidades, y/o empresas agrícolas cooperantes.
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