Ser un programa de posgrado con reconocimiento internacional por las contribuciones científicas y tecnológicas de sus egresados y académicos a la ciencia básica y aplicada, así como a la generación de conocimiento científico que permita coadyuvar a mejorar la calidad de vida de la sociedad en general.
Alineado a la misión institucional del Colegio de Postgraduados, el Programa de Doctorado en Ciencias en Innovación Agroalimentaria Sustentable contribuye a la formación de investigadores, mediante el desarrollo de capacidades para generar, difundir y aplicar conocimiento, así como en el fortalecimiento de actitudes que estimulen la innovación científica y tecnológica, con el fin de atender las necesidades de los sistemas agroalimentarios y el bienestar de la sociedad en un contexto de desarrollo sustentable.